Hi,
GnuPG hat keinen Mechanismus den Nutzer zu fragen, welcher Kartenleser verwendet werden soll. Deshalb verwendet GnuPG den (für ihn) ersten Kartenleser.
Nun kommt es darauf an, ob du beide Leser das eine oder andere Mal benötigst. Im Arch Linux wiki und in der GnuPG Anleitung wird beschrieben, dass die Variable ‘reader-port 32768’ in der Konfiguariontsdatei scdaemon.conf helfen könnte (ich weiß leider nicht, welches Betriebssystem du verwendest, sag Bescheid, falls du Hilfe mit dem Speicherort der Datei brauchst).
Allerdings weist dies GnuPG nur an, den ersten USB Reader zu verwenden. Wenn beides USB Reader sind hilft das natürlich nicht 
Vielleicht schaust du mal, was passiert, wenn du ‘reader-port 32769’ in die Datei einträgst…
Wenn du beide Leser brauchst, kenne ich gerade auch keine bessere Lösung, als jeweils den nicht benötigten Leser zu entfernen 
Liebe Grüße
Alex