Ich habe die Lösung inzwischen gefunden. Bitte stabil hinsetzen.
Nachdem ich die letzten Tage ohne Erfolg an dem Key herumgedoktert habe, hatte ich gestern den Durchbruch. An einem FreeBSD war die Smartcard plötzlich ansprechbar. Es war nicht nötig den Zähler zurückzusetzen oder ähnliches. Danach hat es auch unter Windows wie auch Ubuntu funktioniert. Sobald ich den Nitrokey in ein Arch Linux gesteckt habe, wurde er nach ein paar Zugriffen “gebrickt” und hat sich dann verhalten wie zuvor. Der Fehler war reproduzierbar. FreeBSd hat das dann jedes Mal unbricked.
Dann habe ich mich hingesetzt und die Unterschiede zwischen Arch und Ubuntu angeschaut. Dann ist mir aufgefallen, dass bei Ubuntu der pcscd als Service gestartet wird, während er bei Arch als Socket lauscht. Das ist auch laut Arch Wiki ok so:
GnuPG with pcscd (PCSC Lite)
Note: pcsclite and ccid have to be installed, and the contained systemd service pcscd.service has to be running, or the socket pcscd.socket has to be listening.
Das lief mehrere Jahre ohne Probleme, auch mit anderen GnuPG-Smartcards. Nachdem ich unter Arch den Service gestartet und den Socket deaktiviert hatte, läuft es. Leider geht aus keinem Log etwas hervor, was die Ursache des Problems war. Möglicherweise hat eine Kombination aus Softwareupdates dazu geführt. Falls ihr eine Erklärung dafür habt, würde mich die wirklich interessieren. Ich denke, dass irgendwas auf der Karte nicht richtig geschrieben wurde durch einen Kommunikationsfehler, wie oben schon vermutet.